En la década de los ochenta y derivado de los conflictos desencadenados en Centroamérica, principalmente el de Guatemala; se inició en nuestro país la etapa que se ha denominado como "El Refugio Guatemalteco".

Durante esta época se registró el ingreso masivo de aproximadamente 46 mil campesinos guatemaltecos, considerados como refugiados; los cuales, inicialmente se asentaron en campamentos en el Estado de Chiapas y a partir de 1984, en los Estados de Campeche y Quintana Roo. 

El Gobierno de México, convencido de otorgar la adecuada protección a los refugiados, y el Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Refugiados (ACNUR), organismo internacional encargado de brindar protección a los refugiados; acordaron en 1982, el establecimiento en nuestro país de una representación de dicho organismo internacional.

A partir de 1984, el Gobierno Federal a través de la COMAR, contando con el apoyo financiero del ACNUR y del Programa Mundial de Alimentos, desarrolló diversos programas de asistencia a la población refugiada, diseñados para enfrentar las necesidades de vivienda, salud, educación y alimentación.

Para 1989, mediante repatriación voluntaria, más de 4 mil refugiados habían regresado de manera individual a Guatemala. En 1993, se puso en marcha un programa especial de repatriación voluntaria, orientado al retorno voluntario y organizado de refugiados a Guatemala. Hasta 1999, aproximadamente 42,737 refugiados se acogieron a la repatriación voluntaria.

En 1994, los refugiados que permanecían en nuestro país consideraban su retorno voluntario ó su permanencia definitiva. Para ese entonces, los refugiados alcanzaban niveles de autosuficiencia que les permitieron dejar de depender de la ayuda alimentaria, contaban con servicios de salud adecuados y el sistema educativo tenía cobertura desde preescolar hasta educación media. La población atendida por la COMAR ascendía aproximadamente a 30,059 personas, entre las que se encontraban refugiados guatemaltecos y sus descendientes nacidos en México.

El Gobierno de México, en 1996 comenzó la integración definitiva de los refugiados guatemaltecos a la sociedad mexicana. Los refugiados, si así lo decidían, podían quedarse en nuestro país al obtener su regularización migratoria, principalmente la de Asimilado, ó la nacionalidad mexicana.

Durante el proceso de integración se desarrollaron dos programas base, el Programa de Regularización Migratoria y el Programa de Naturalización, y de manera complementaria, se desarrollaron programas para regularizar la tenencia de la tierra, generación de ingresos e incorporación de las comunidades de refugiados a los sistemas nacionales de educación y salud.

En 1998, mediante el Programa de Regularización Migratoria se había entregado documentación migratoria aproximadamente a 18,420 personas. Por otro lado, a través del Programa de Naturalización, a su cierre en diciembre de 2004, se habían entregado un total de 10,098 cartas de naturalización.

Al paso del tiempo, los campamentos de refugiados se convirtieron en poblados habitados por mexicanos por naturalización, mexicanos por nacimiento (hijos de ex refugiados) y en menor número, guatemaltecos inmigrantes o inmigrados.

El Gobierno de México, durante la integración de los refugiados, favoreció su autosuficiencia económica. En 1997, con el apoyo financiero de la Unión Europea, se desarrolló el "Proyecto de Apoyo a la Integración Definitiva de los Refugiados Guatemaltecos en los Estados de Campeche y Quintana Roo", orientado a promover la actividad productiva de la población de ex-refugiados y mexicanos.

En diciembre de 2000, el Gobierno de México y la Unión Europea, acordaron desarrollar un segundo Proyecto de Apoyo a la Integración Definitiva de los Refugiados Guatemaltecos, extendiéndose los beneficios a las poblaciones asentadas en el Estado de Chiapas.